Med den elektriske bagklap (ekstraudstyr) kan bagagerummet åbnes og lukkes med et tryk på en knap eller med en knap på nøglen. Den kan også åbnes med Virtual Pedal ved at bevæge din fod tæt på sensoren på den bageste stødfanger, hvilket får bagklappen til at åbne automatisk.

I klassisk Škoda stil byder bagagerummet i Škoda Enyaq også på en række meget praktiske features. Genstande kan fastgøres i bagagerummet ved hjælp af bagageholdere. Du skal blot sætte dine kasser eller indkøbsposer, eksempelvis, ind mellem holderne, og så rutsjer de ikke længere rundt. Bagageholderne kan klappes væk og opbevares i siden af bagagerummet.

Den store fleksibilitet og anvendelighed i Enyaqs bagagerum optimeres også af fire faste kroge i siderne. De er beregnet til at hænge genstande eller bagage fast på, som ellers ville være ustabilt eller ikke kan være på bagagerumsbunden.