Euro NCAP har tildelt Škoda Scala den højest mulige score på fem stjerner, hvilket tilkendegiver, at bilen yder optimal beskyttelse til alle passagerer om bord. I kategorien for beskyttelse af voksne i bilen opnåede Scala en score på 97 % af alle mulige point. Det er en af de højeste scorer i Euro NCAPs historie. Testerne gav også bilen de fulde seks point for cyklistbeskyttelse, og det afspejler den positive effekt ved Front Assist med forudseende fodgængerbeskyttelse og cyklistbeskyttelse.

Škoda Scala byder på et højt niveau af passiv sikkerhed med op til ni airbags og et proaktivt passagerbeskyttelsessystem, Crew Protect Assist.

Scala er udstyret med eCall-systemet, som videreformidler informationer som fx bilens lokation, antallet af personer i bilen, bilens position før og efter ulykken og bilens status i tilfælde af en ulykke, og det kan også til enhver tid aktiveres manuelt via knapper i tagmodulet.

Den kompakte Scala byder på en række avancerede førerassistentsystemer, som hidtil har været forbeholdt biler fra højere klasser, til at holde øje med sikkerheden i den travle bytrafik og på lange strækninger på motorvej.